办公室

负责接待、会务、信访、档案、后勤服务等项工作。

 产业发展科

负责制定中长期产业发展规划、确定年度发展项目；负责制定推进产业发展的具体办法，指导相关单位组织实施；负责制定为产业发展服务的具体办法，组织指导合作社发展、政策性保险、银农合作等项工作。

村镇建设科

负责指导新农村建设、村镇建设、村庄环境建设等项工作。

山区建设科

负责制定山区发展规划，指导山区乡镇开展流域治理、致富产业发展、险村险户搬迁等项工作。

研究室（移民办）

负责研究制定和推进农村综合改革的相关意见；负责相关文件起草和基层单位上报文件处理等文字工作；负责指导相关单位、乡镇落实北京市关于对密云水库一级保护区内居住的群众给予生产生活困难补助的政策和国务院关于大中型水库移民后期扶持政策等项工作。

执法督察科

负责涉农法律法规的监督检查，年度市县确定重点工作督察和人大建议、政协提案办理等。

信息培训科

负责制定农村信息化发展规划和具体扶持政策；负责统计工作和向上级报送相关信息，编发本级简报，网站管理；负责实施县新型农民培养规划，协调相关单位和乡镇开展相应工作。

政工科

负责协调农口各单位党建、精神文明建设；负责农口科级干部管理和农委机关人事、劳资等项工作。

财务科

负责财务方面的工作。

密云县农村能源办公室

为所属科级事业单位，负责制定农村新能源发展规划，组织指导乡镇、村和有关单位实施相关项目，提供技术、信息等方面服务等。